Institut dopravy je rozdělen dle vědecko-výzkumné a pedagogické činnosti na čtyři ústavy: Ústav dopravních a procesních zařízení, Ústav dopravní techniky, Ústav dopravní technologie a Ústav letecké dopravy. Institut dopravy zajišťuje pedagogickou činnost ve studijních oborech Dopravní technika a technologie, Dopravní stroje a manipulace s materiálem, Technologie letecké dopravy, Technologie provozu letecké techniky a Technologie údržby letecké techniky v bakalářských studijních programech a pedagogickou činnost pro obor Dopravní technika a technologie a obor Konstrukční a procesní inženýrství se zaměřením na Dopravní stroje a manipulace s materiálem v navazujícím magisterském studijním programu. Doktorský studijní program Strojní inženýrství je na Institutu dopravy zajištěn v rámci oboru Dopravní a manipulační technika.
Oblast vědy a výzkumu na Institutu dopravy je orientována na oblasti zdvihacích, dopravních a skladovacích systémů sypkých hmot, technologií dopravy a skladování sypkých hmot, na oblast řešení problémů dynamiky jízdy dopravních prostředků a dopravních systémů a na oblast řešení logistických problémů. Oblast sypkých hmot je zastoupena VV činností v oblasti modelování procesů a pochodů sypkých hmot na unikátních přístrojích. Zvláštní kapitolu tvoří aktivity zaměřené na vývoj a aplikaci matematických a simulačních modelů a metod a softwarovou podporu řešení různých rozhodovacích problémů napříč všemi druhy dopravy. Další oblast VV na Institutu dopravy je orientována na řešení otázek souvisejících s bezpečností letecké dopravy a vlivu lidského činitele na provozní podmínky.